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据调查表明，在增值税改革后，物流企业的税负反而大大增长。据对多家物流企业的调查数据显示，在2008年到2010年之间，物流企业营业税税负率年均为1.3%，而在增值税改革后，这些物流企业的实际税负较原有税负增长了120%~150%。甚至一些物流企业的税负涨幅较原来增长了两倍以上。而这种情况产生的原因，很大程度上是由于进项税额抵扣的不充分。增值税改革的主要目的，就是避免企业出现重复纳税的情况。通过运用增值额作为计算纳税金额的依据，使企业的生产方式等不受影响。物流企业目前的经营成本主要包括人力成本、油费、路桥费等。其中，人力资源成本、路桥费等，不属于增值税抵扣范围，且这些成本在物流企业总成本中所占据的比例相当之大。这便使物流企业较大一部分资金无法得到抵扣，税负大量增加。而部分劳务和产品无法被纳入增值税抵扣范围，也体现了增值税抵扣的不充分，难以切实发挥增值税抵扣制度的价值，并为一些纳税人逃税、偷税提供了可能。因而，我国在增值税改革中，应更多的考虑到物流行业增值税抵扣需要，扩展增值税抵扣范围，避免增值税“链条”出现空隙，并优化物流企业增值税发票管理工作，使物流企业更加适应我国生产方式及结构等方面的变化。

（二）发票管理工作难度增加

企业必须使用增值税**发票才能够抵扣进项税。但是从正规渠道获取增值税**发票的过程较为复杂，一些小型物流企业并不具备这一能力。在增值税改革后，这一情况已经得到了一定的改善，整个物流行业的发票管理工作也得到了进一步的规范。由于税率的不断变化，产业链低端的企业需要从产业链高端的企业处获取11%的增值税发票。而很多产业链高端企业并不愿意将自己多获取的3%~4%增值税额与物流企业分享，这便使很多物流企业无法增加进项税额抵扣，不仅税负大大增加，企业获取的经济效益也随之减少，难以实现健康发展。因而，在这一情况下，物流企业需要加强对增值税改革政策等方面知识的学习，根据当前物流企业实际情况对企业业务进行调整，注重增值税**发票的获取，优化发票管理工作，拓展进项税额抵扣。